Dəyişən təhlükəsizlik mühiti və yeni yaranan təhdidlər Azərbaycanın milli müdafiə sistemində yenilənmiş strategiya və mexanizmləri zəruri edir. Azərbaycan bu çağırışlara cavab olaraq müdafiə və təhlükəsizlik sahələrini fəal şəkildə gücləndirir. Bu sahələrdə aparılan paralel islahatlar Azərbaycanın Avro-Atlantik prinsipləri və dəyərlərinə sadiqliyini bir daha nümayiş etdirir.
2004-cü ildə Azərbaycan NATO tərəfindən təklif olunan və Alyansın müdafiə islahatlarında yardımını asanlaşdıran yeni Fərdi Tərəfdaşlıq üzrə Əməliyyat Planı (FTƏP) mexanizmini qəbul edən ilk tərəfdaş ölkələrdən biri olmuşdur. FTƏP çərçivəsində Azərbaycan milli strategiya və prosedurlara, eləcə də səmərəli qurumlararası əməkdaşlığa əsaslanan güclü müdafiə sisteminin inkişafına yönəlmiş müxtəlif təşəbbüslərə başlamışdır.
2007-ci ildə təsdiqlənmiş Azərbaycanın Milli Təhlükəsizlik Konsepsiyası sonrakı strateji siyasət sənədlərinin hazırlanması üçün əsas rol oynamışdır. Bu konsepsiya 2010-cu ildə təsdiqlənmiş Hərbi Doktrinanın hazırlanması üçün də baza rolunu oynamışdır. Hərbi Doktrina Silahlı Qüvvələrin missiyalarını mövcud mühit və təhdidlərin strateji qiymətləndirilməsinə uyğun şəkildə geniş şəkildə müəyyənləşdirir.
Silahlı Qüvvələrin NATO strukturlarına uyğunlaşdırılması ümumi transformasiya prosesində mühüm rol oynayır və müdafiə islahatları üçün əsas yaradır. Bu keçid dövründə Azərbaycan müxtəlif NATO üzv dövlətlərinin təcrübələrini sistemli şəkildə araşdırmış və eyni zamanda NATO-nun Transformasiya Komandanlığından ekspert məsləhətləri almışdır.