Təhlükəsizlik şəraitinin təkamülü və yeni təhdidlər, milli müdafiə sistemi çərçivəsində yeni yanaşmanı və vasitələri tələb edir. Azərbaycan öz müdafiə və təhlükəsizlik sektorunun inkişafı vasitəsi ilə bütün bunlara adekvat cavab verir. Eyni zamanda, müdafiə və təhlükəsizlik sektorunda aparılan islahatlar, bizim Avro-Atlantik dəyərlərə sadiq olduğumuzu nümayiş etdirir.
Müdafiə islahatları sahəsində Alyansın dəstəyinə təminat yaradan, yeni SNT mexanizmi kimi NATO tərəfindən təklif edilmiş, Fərdi Tərəfdaşlıq üzrə Əməliyyat Planına (FTƏP) 2004-cü ildə qoşulan Azərbaycan, ilk Tərəfdaşlardan biri olmuşdur. FTƏP çərçivəsində, Azərbaycan, milli strategiya və proseduralara və effektiv qurumlararası əməkdaşlığa əsaslanan effektiv müdafiə sistemini inkişaf etdirmək məqsədi ilə, müxtəlif proseslərə başlamışdır.
2007-ci ilin 23 may tarixində nəşr olunmuş Azərbaycanın Milli Təhlükəsizlik Konsepsiyası başqa strateji sənədlərin işlənilməsi üçün bazanı təmin edir. Milli Təhlükəsizlik Konsepsiyası, strateji mühitə və təhdidlərin qiymətləndirilməsinə əsaslanan, Silahlı Qüvvələrin tapşırıqlarını daha da müfəssəl olaraq təyin edən Hərbi Doktrinanın (08 iyun 2010-cu il) diqqətlə hazırlığına əsas kimi xidmət etmişdir.
Azərbaycanın müdafiə siyasətinin məqsədləri, əsasları və prinsipləri Milli Təhlükəsizlik Konsepsiyasında, habelə həmin konsepsiyanın hərbi təhlükəliliklə bağlı müddəalarının reallaşdırılmasını və onların inkişafını istiqamətləndirən Hərbi Doktrinada əks olunur. Hərbi Doktrina Azərbaycan Respublikasının təhlükəsizlik mühitinin və milli maraqlarının həyata keçirilməsinə mane olan və ya onlara təhlükə yaradan şərait, proses və amilləri təhlil edir. Hərbi Doktrina milli təhlükəsizliyin hərbi-strateji, hərbi-siyasi, hərbi-iqtisadi, hərbi-texniki və təşkilati əsaslarını, Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin və qanunvericiliyinə uyğun olaraq yaradılmış digər silahlı birləşmələrin (Dövlət Sərhəd Xidməti, Daxili Qoşunlar və s.) vəzifələrini, onların hazırkı mərhələdə və ortamüddətli perspektivdə əsas quruculuq, inkişaf və hazırlıq prioritetlərini müəyyən edir. Hərbi Doktrinanın müddəaları Azərbaycan Respublikasının hərbi təhlükəsizliyinin təmin edilməsinə yönəldilmiş hərbi, siyasi, iqtisadi, sosial, informasiya, hüquqi və digər tədbirlərin əlaqələndirilməsi vasitəsilə dövlət və yerli özünüidarəetmə orqanları, Silahlı Qüvvələr və başqa silahlı birləşmələr tərəfindən həyata keçirilir. Zərurət olduqda bu müddəaların həyata keçirilməsinə vətəndaş cəmiyyətinin təsisatları və ayrı-ayrı təmsilçiləri cəlb oluna bilər. Eyni zamanda Dəniz Təhlükəsizliyi Strategiyası artıq olunmuş və icrası tətbiq olunur. Bütün bunlar, daha effektiv və imkanlı müdafiə sistemi və silahlı qüvvələrin inkişaf etdirilməsinə əsas yaradan, Strateji Müdafiə İcmalı (SMİ) ilə davam etdirilir.
Milli Təhlükəsizlik Konsepsiyası və Hərbi Doktrinanın prinsipləri əsasında ölkədə keçirilən Strateji Müdafiə İcmalı prosesində bir sıra aidiyyəti olan dövlət qurumları iştirak edir. Müdafiə Nazirliyi SMİ-nın müxtəlif sahələri üzrə milli mütəxəssislərin cəlb olunmasını təmin etmişdir. Milli Təhlükəsizlik Konsepsiyası və Hərbi Doktrinada nəzərdə tutulan müddəalara əsaslanaraq, Strateji Müdafiə İcmalı, strateji mühiti, təhdidlərin qiymətləndirilməsini və müyəssər olan ehtiyatları nəzərə almaqla, Silahlı Qüvvələrin strukturunu, infrastrukturunu və tapşırıqlarını təyin edəcəkdir. SMİ üçün tələb olunan hazırlıq addımı kimi, Müdafiə Nazirliyi Silahlı Qüvvələrin infrastrukturunun və avadanlığının inventarizasiyasını başa çatdırmışdır.
Ölkədə keçirilən Strateji Müdafiə İcmalının (SMİ) əsas məqsədi ölkənin hərbi təhlükəsizlik sisteminin fəaliyyət effektivliyini müəyyənləşdirmək, cari və potensial təhlükəsizlik problemlərinin ən səmərəli həlli üçün tələb olunan qabiliyyətləri ölkənin mövcud resurslarına uyğun olaraq inkişaf etdirməkdən ibarətdir.
Eyni zamanda SMİ prosesinin keçirilməsi aşağıda qeyd olunan məqsədləri əhatə edir:
- Azərbaycan Respublikasının Milli Təhlükəsizlik Konsepsiyasında müəyyən edilmiş əsas istiqamətlər üzrə milli təhlükəsizlik siyasətinin həyata keçirilməsi və Hərbi Doktrinada müəyyən edilmiş vəzifələrin yerinə yetirilməsinin dəstəklənməsi;
- ölkənin müdafiə qabiliyyətinin inkişaf etdirilməsi, o cümlədən Silahlı Qüvvələrin müdafiə planlaşdırılması sisteminin effektivliyinin artırılması məqsədilə ölkənin müdafiə sektorunun, xüsusən də Silahlı Qüvvələrin və başqa silahlı birləşmələrin hazırkı vəziyyətinin qiymətləndirilməsi, mövcud boşluqların müəyyənləşdirilməsi;
- Azərbaycan Respublikası müdafiə sisteminin transformasiyası üçün strategiyanın inkişaf etdirilməsi və əsas inkişaf proqramlarının müəyyənləşdirilməsi və onların yerinə yetirilməsi;
- Avroatlantik modellərə əsaslanan effektiv müdafiə qüvvələrinin hazırlanmasını təmin edən müdafiə sisteminin təkmilləşdirilməsi və hərbi təhlükəsizlik sistemində müasir vahid standartların tətbiq olunması üzrə milli prosedurların müəyyənləşdirilməsi.
SMİ-ın nəticələrindən istifadə etməklə, Müdafiə Nazirliyinin uzun müddətli modernləşmə planı daxil olmaqla, 2013-2018-ci illər üçün müdafiə planlarının təfərrüatları və prioritetləri dəqiqliklə hazırlanacaq və tətbiq olunacaqdır. Hər şeylə yanaşı bu, təminat dəstəyinin modernləşməsini və təminat sisteminin inkişafını, hərbi avadanlığının tədrici modernləşməsi və əvəz olunması, silahlı qüvvələrin tərkibində müasir rabitə sisteminin qurulması və infrastrukturun inkişafını da özündə əks etdirir. Bu prioritetlər orta və uzunmüddətli məqsədlər kimi FTƏP-ə daxil edilmişdir.
Silahlı Qüvvələrin yeni J/G/S strukturuna keçidi ümumi transformasiya prosesində mühüm rol oynayır və bütövlükdə müdafiə sahəsində islahatların aparılması üçün zəmin yaradır. Aşağı səviyyədə (korpus və briqadalarda) yeni struktura uyğun olaraq, yenidən təşkilatlanma başa çatmışdır. Bu proses zamanı bir çox NATO ölkələrinin təcrübəsi araşdırılmış və öyrənilmişdir. Müdafiə Nazirliyi və Baş Qərargah 1 avqust 2009-cu il tarixdən etibarən yeni ştat struktura uyğun olaraq təşkilatlanmışdır. Yeni strukturda, G1-G8 idarələri, Müdafiə Planlaşdırılması və Strategiyası idarəsi ilə yanaşı, təlim, təhsil və şəxsi heyətin idarə edilməsinə cavabdeh yeni idarələr də yaradılmışdır. Müvafiq tapşırıqların praktiki həyata keçirilməsi uğurla davam etdirilir. Tapşırıq və cavabdehliklərin, vəzifə borclarının, yeni qayda və proseduraların müəyyənləşdirilməsi istiqamətində işlər aparılır və qanunvericiliyə zəruri düzəlişlərin edilməsi təklif edilmişdir. Bundan əlavə, yeni struktura keçid prosesi çərçivəsində bir sıra tapşırıqlar yerinə yetirilir. Silahlı Qüvvələrdə hər bir vəzifə üçün vəzifə borcları, yeni əməliyyat qaydaları, prosedurlar və təlimatlar işlənib hazırlanır. Bu xüsusda Azərbaycana NATO-nun Müttəfiq Transformasiyası Komandanlığı dəstək göstərir. NATO-nun ekspertlərindən ibarət, həmin komandanlığın Səyyar Təlim Qrupları Azərbaycana üç dəfə səfər etmişdir.